Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 menyatakan bahwa tugas Bendahara Pengeluaran adalah menerima, menyimpan, membayarkan, menatausahakan, dan mempertanggungjawabkan uang dalam rangka pelaksanaan APBN/APBD. Selain itu, Undang-Undang Perpajakan menyatakan bahwa Bendahara Pengeluaran sebagai wajib potong/pungut Pajak. Kewajiban  Bendahara Pengeluaran sebagai wajib potong/pungut juga bertugas menyetorkan pajak dan melaporkan pajak ke Kantor Pelayanan Pajak sesuai batas waktu yang ditentukan, atas setiap transaksi yang dananya berasal dari APBN/APBD. Pajak yang harus dipotong/pungut oleh Bendahara Pengeluaran meliputi PPh Pasal 4 ayat 2, PPh Pasal 21, PPh Pasal 23 dan Pajak Pertambahan Nilai.

Sanksi kepada Bendahara Pengeluaran apabila tidak menjalankan kewajiban penyetoran dan pelaporan pajak akan diterbitkan Surat Tagihan Pajak dengan ketentuan sebagai berikut:

a) Sanksi tidak setor PPN adalah sebesar 2 % x bulan terlambat x PPh/PPN yang seharusnya disetor;

b) Sanksi tidak lapor SPT Masa PPh adalah sebesar Rp.100.000,-

c) Sanksi tidak lapor SPT Masa PPN adalah sebesar Rp.500.000,-

  Pelaksanaan kewajiban bagi Bendahara Pengeluaran atas pemotongan/pemungutan meliputi: (1) Melakukan Perhitungan Pemotongan/Pemungutan berdasarkan Tarif yang Berlaku, (2) Membuat Bukti Potong, (3) Menyetorkan Pajak, (4) Membuat SPT Masa dan Pelaporan.

Kantor Pelayanan Pajak melakukan pengawasan terhadap tugas Bendahara Pengeluaran dalam kewajiban pemotongan/pemungutan dan penyetoran pajak atas pelaksanaan APBD. Mekanisme pengawasan tersebut diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 64/PMK.05/2013. Ruang lingkup pengawasan tersebut meliputi (1)  Pemotongan/Pemungutan dan Penyetoran Pajak atas Belanja Daerah; (2) Pengujian Kebenaran Perhitungan/Penyetoran Pajak dan Konfirmasi Setoran Penerimaan Pajak atas Belanja Daerah; (3) Konfirmasi Kebenaran Perhitungan/Penyetoran Pajak atas Belanja Daerah; (4) Pemeriksaan/Verifikasi Pajak terhadap Pelaksanaan Pemotongan/Pemungutan dan Penyetoran Pajak atas Belanja Daerah; (5) Penyetoran Pajak Terutang; dan (6) Sanksi.  

            Berdasarkan peraturan tersebut, tugas Bendahara Pengeluaran juga membuat laporan Daftar Transaksi Harian (DTH) yang akan digabung oleh Bendahara Umum Daerah menjadi laporan Rekapitulasi Transaksi Harian (RTH). Laporan RTH tersebut disampaikan kepada Kantor Pelayanan Pajak.