Peraturan Pemerintah Nomor 91 Tahun 2010 mengatur tentang pajak daerah yang dipungut berdasarkan ketetapan kepala daerah atau dibayar sendiri oleh wajib pajak. Pajak yang dipungut berdasarkan Ketetapan Kepala Daerah terdiri atas Pajak Kendaraan Bermotor, Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor, Pajak Air Permukaan, Pajak Reklame, Pajak Air Tanah dan Pajak Bumi dan Bangunan. Sedangkan Pajak Daerah yang dipungut berdasarkan perhitungan sendiri Wajib Pajak meliputi Pajak Bahan Bakar Kendaraan Bermotor, Pajak Rokok, Pajak Hotel, Pajak Restoran, Pajak Hiburan, Pajak Penerangan Jalan, Pajak Mineral Bukan Logam dan Batuan, Pajak Parkir, Pajak Sarang Burung Walet, Pajak Bea Perolehan Hak atas Tanah dan Bangunan.

Pemungutan pajak daerah terutang berdasarkan surat ketetapan pajak dari Kepala Daerah merupakan pembayaran pajak daerah terutang oleh wajib pajak dengan menggunakan: (1) Surat Ketetapan Pajak Daerah atau Dokumen lain yang dipersamakan, atau (2) Surat Pemberitahun Pajak Terutang. Sedangkan pemungutan pajak daerah terutang dengan cara dibayar sendiri oleh Wajib Pajak merupakan pembayaran pajak daerah terutang oleh wajib pajak dengan menggunakan: (1) Surat Pemberitahuan Pajak Daerah, (2) Surat Ketetapan Pajak Daerah Kurang Bayar, atau (3) Surat Ketetapan Pajak Daerah Kurang Bayar Tambahan.

Berdasarkan uraian diatas bahwa jenis pajak yang terutang berdasarkan perhitungan dan membayar sendiri lebih banyak dibandingkan dengan yang berdasarkan ketetapan Kepala Daerah. Hal ini mengharuskan Pemerntah Daerah meningkatkan kualitas kompetensi pemeriksa pajak daerah. Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009 mendefinisikan Pemeriksaan Pajak Daerah adalah serangkaian kegiatan menghimpun dan mengolah data, keterangan dan/atau bukti yang dilaksanakan secara obyektif dan profesional berdasarkan suatu standar pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan daerah dan retribusi dan/atau tujuan lain dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perpajakan dan retribusi daerah.

Merujuk kepada definisi pajak daerah tersebut, agar terwujud efektifitas pemeriksaan pajak daerah diperlukan aparatur pemeriksa pajak yang profesional dengan cara peningkatan kompetensi pemeriksaan dan dukungan lingkungan budaya kerja. Adanya standar pemeriksaan dan pedoman pemeriksaan secara komprehensif yang meliputi perencanaan pemeriksaan, pelaksanaan pemeriksaan dan pelaporan pemeriksaan.